Neu-Isenburgs Gründungsgeschichte steht in engem Zusammenhang mit den Religionskriegen zwischen Katholiken und Protestanten, im Frankreich des 16. Jahrhunderts. Die Hugenotten, wie die französischen Protestanten hießen, waren Anhänger des Reformators Johannes Calvin. Sie organisierten sich militärisch unter Admiral Coligny, die katholische Gegenpartei wurde vom Adelsgeschlecht der Guisen geführt. 1562 begann der erste Bürgerkrieg zwischen Katholiken und Hugenotten. König Heinrich IV stellte mit dem Edikt von Nantes, das den Hugenotten freie Religionsausübung zusicherte und eine politische Sonderstellung einräumte, 1598 den Religionsfrieden vorläufig her. In der Regierungsphase Ludwigs XIV wurde diese Freiheit wieder aufgehoben. Das Revokationsedikt von Fontainebleau 1685 verbot das reformierte Bekenntnis in Frankreich. Die Hugenotten, die sich nicht mit Gewalt dem Gebot „Ein König, ein Glaube, ein Gesetz“ unterwerfen wollten, flüchteten in protestantische Nachbarländer.

Die Hugenotten aus flüchteten zunächst in die Schweiz. Die Schweiz war dem Flüchtlingsstrom jedoch bald nicht mehr gewachsen und wandte sich hilfesuchend an andere protestantische Länder. Der holländische Gesandte Pieter Valkenier trat mit dem Grafen Johann Philipp von Ysenburg-Büdingen in Kontakt.

Der Graf, der selbst Calvinist war, bemühte sich, den Flüchtlingen zu helfen und wies den Hugenotten ein Siedlungsgebiet auf seinem Land zu. Freier Gebrauch ihrer französischen Muttersprache und freie Ausübung ihrer Religion wurden ihnen zugesichert.

Am 24. Juli 1699 leisteten 34 französische Familien im Offenbacher Schloss dem Landesherrn den Treueeid. Graf Johann Philipp hatte ihnen an der Südgrenze zur Stadt Frankfurt Land gegeben, das von Andreas Löber, dem Hofmeister seiner Schwester Amalie von Wittgenstein Berleburg, unter den Siedlern aufgeteilt wurde. Die Aufteilung des Landes wurde mit einem eigens dafür geschaffenen Maß, dem „Isenburger Fuß“ durchgeführt, was später zu Konflikten führen sollte: Die Länge der Maßeinheit „Fuß“ war in den verschiedenen Ländern unterschiedlich. Der Grundriss des Ortes Neu-Isenburg ist nach dem barocken Ideal geometrisch ausgerichtet und wird mit dem Andreaskreuz verglichen, dessen Arme schräg angeordnet sind.

Die erste Predigt im „welschen Dorf“, wie Neu-Isenburg von den umliegenden Gemeinden genannt wurde, fand am 20. Mai 1700, dem Himmelfahrtstag, statt. Eine Kirche gab es noch nicht, so predigte Pfarrer Bermond aus Offenbach unter Bäumen. Dem Predigttext lag das Schriftwort zugrunde: „Hier ist gut sein, lasset uns Hütten bauen“ (Matth. 17,4). Der Graf gewährte den Siedlern Unterstützung beim Aufbau des Dorfes: Er gab ihnen Holz zum Hausbau und später auch Steine zum Bau der Kirche, eines Pfarr- und eines Schulhauses.

Im Jahr 1702 errichteten die Neu-Isenburger ihr erstes Rathaus und begannen mit dem Bau der Kirche und des Pfarrhauses. 1704 folgte der Bau der Schule, in der bis zum Jahre 1834 die Kinder in ihrer französischen Muttersprache unterrichtet wurden. Dann ging das Gebäude in Privatbesitz über. Das Rathaus wurde bis zum Jahre 1871 benutzt, war aber mittlerweile baufällig geworden und wurde 1876 abgebrochen.

Die Hugenotten, die sich in Neu-Isenburg niederließen, hatten mit vielen Schwierigkeiten zu kämpfen. Grenzstreitigkeiten mit der Stadt Frankfurt, Auseinandersetzungen um Weiderechte und Manipulationen mit Grenzsteinen führten zu einem jahrelangen Prozess, der erst durch einen kaiserlichen Erlass 1731 zu Ende geführt wurde. Der Erlass sah vor, dass jeder Weidebetrieb im Frankfurter Stadtwald verboten wurde. Diese Entscheidung bedeutete für das Dorf Neu-Isenburg einen wirtschaftlichen Schlag. Da die Bauern in Neu-Isenburg auf Dauer kein Auskommen fanden, entwickelte sich die Gemeinde zu einer Handwerkersiedlung. Das typisch hugenottische Handwerk der Strumpfwirkerei brachte neuen Aufschwung.

Von wegziehenden Franzosen aufgegebene Wohnungen wurden von Deutschen aufgekauft. Trotz der anfänglich kühlen und bisweilen feindlichen Beziehungen zu den Franzosen wurde die deutsche Siedlung allmählich größer. Im Jahre 1761 bestimmte der Graf, dass in der Kirche abwechselnd deutsch und französisch gesprochen werden sollte. Diese Anordnung rief zunächst große Erbitterung bei den Franzosen hervor. Doch mit der Zeit vermischte sich Deutsches und Französisches, die Einwohner entwickelten eine gemeinsame Identität als Neu-Isenburger. 1829 löste Deutsch das Französische als offizielle Amtssprache ab. Das kleine Fürstentum Ysenburg fiel schließlich nach der Neuordnung Deutschlands im Wiener Kongress 1816 an das Großherzogtum Hessen.

Die Festigung der politischen Verhältnisse führte zu wirtschaftlichem Aufschwung. Zu den noch im Jahre 1841 in Neu-Isenburg tätigen 44 Strumpf- und Seidenwirkern kamen neue Handwerkszweige, Schreinereien und Möbelfabriken, Hasenhaarschneidereien, Portefeuiller und Schuster. Ab 1860 stellte die Neu-Isenburger Metzgerei Müller Frankfurter Würstchen her, die bald den Weltmarkt erobern sollten. Die meisten der Neu-Isenburger Berufstätigen im ausgehenden 19. Jahrhundert waren jedoch Arbeiter, die täglich nach Frankfurt pendelten.

Die Entwicklung Frankfurts zur Industriestadt machte Neu-Isenburg damals zur Arbeiterwohnsiedlung. Im Süden der Gemeinde entstand ein Industriegebiet und ab 1889 verkehrte die mit Dampflokomotiven betriebene Waldbahn nach Frankfurt, die schließlich 1929 durch die „Elektrische“ abgelöst wurde. Mit dieser günstigen Verkehrsanbindung bot sich Neu-Isenburg als Wohnort für die Arbeiter der Frankfurter Fabriken geradezu an.

Am 21. August 1894 besuchte Großherzog Ernst Ludwig Neu-Isenburg und verlieh der Gemeinde die Stadtrechte. Die Jahreswende 1898/1899 brachte als weitere wichtige Ereignisse die Versorgung der Neu-Isenburger Betriebe und Haushalte mit Wasser und Strom. Auf den Gasanschluss mußten die Einwohner noch bis 1913 warten. 1899 verlieh der Großherzog der Gemeinde zum 200. Jahrestag der Ortsgründung das Stadtwappen.

Im Zweiten Weltkrieg erlitt Neu-Isenburg das Schicksal vieler deutscher Städte. Am 20. Dezember 1943 zerstörte ein amerikanischer Bombenangriff die Reformierte Kirche und viele der schönen alten Häuser im alten Ort. Trotz der schweren Zeit nach dem Krieg hat der Lebens- und Aufbauwille seit 1945 ein stabiles Gemeinwesen entstehen lassen.